La Couronne convertissait une partie de l'argent et de l'or en monnaie pour payer les salaires des officiers royaux et les dépenses des garnisons coloniales. Cependant la plus grande partie du Trésor royal était envoyée à Séville sous formes de barres, de disques, de lingots et de pièces de monnaie. À l'exception de la mine de mercure à Huancavélia (Pérou), laquelle pourvoyait aux besoins des colonies américaines - le mercure étant nécessaire pour le raffinage de l'argent -, toute l'industrie minière américaine était laissée à l'entreprise privée. La fraude, autant sur la frappe de la monnaie que sur la pureté du métal, était répandue. Malgré la vigilance des fonctionnaires royaux, on rencontrait fréquemment des barres d'argent dont le coeur était en plomb, des pièces d'«or» faites d'un alliage contenant beaucoup trop de cuivre et des pièces d'argent contrefaites en platine, métal considéré alors comme sans valeur. À l'inverse, des marchands et des officiers royaux peu scupuleux passaient en fraude barres et lingots d'or ou d'argent cachés sous une couche de métal vil généralement du plomb.

Parallèlement à ce problème de contrefaçon, il s'en posait un autre tout aussi néfaste pour le Trésor espagnol: plusieurs particuliers et marchands soustrayaient leur or et leur argent au Quint Royal en les dissimulant parmi des marchandises de moindre valeur. Dès 1510, bien avant l'ouverture des mines, une ordonnance royale stipulait que les trésors ramenés des Amériques et non enregistrés devaient être confisqués: le fautif se voyait imposer une amende s'élevant à quatre fois la valeur des biens qu'il avait passé en fraude ainsi que toute autre punition que la Couronne jugerait à propos de lui infliger. Qu'ils fussent ou non complices des fraudeurs, les officiers des galions risquaient aussi d'encourir d'impitoyables sanctions. Ainsi, en 1551, lorsqu'un galion s'échoua au sud de l'Espagne et qu'on découvrit que la valeur de sa cargaison s'élevait à plus de trois fois celle au livre, tous ses officiers furent condamnés aux galères pour dix ans. Cependant les bijoux en or portés au débarquement étaient exemptés des droits de douane; parmi eux, on comptait de lourdes chaînes d'or finement travaillées, trouvées à bord des épaves espagnoles et dont certaines excédaient même 5,5 mètres de longueur.

Avant d'être acheminés par terre ou par mer vers les galions ou ailleurs, tout l'or et l'argent produits et raffinés étaient inspectés par un essayeur. Ce fonctionnaire royal se prononçait sur la pureté des métaux: si celle-ci était douteuse, il retournait le métal pour qu'il fût à nouveau raffiné, sinon il prélevait sur le total le «Quinto» - le quint royal (20%) - et un faible pourcentage pour ses honoraires. Chaque barre ou lingot de métal précieux était poinçonnée: la marque comprenait l'année de sa fonte, un numéro d'ordre de grandeur, sa valeur totale en réales, son poids, la marque de l'essayeur et celle du propriétaire. Si la barre appartenait à la Couronne, elle était marqué du nom du Roi ou de ses armoiries. Toutes ces informations étaient enregistrées. Chaque caisse de monnaie, de pierres précieuses et de perles étaient scellées par un officier royal et la valeur de son contenu marquée sur l'un des ses côtés puis inscrite dans le registre officiel. Même des marchandises ordinaires tels les barils de sucres et les balles d'indigo étaient inspectées et leur valeur indiquée sur leurs contenants puis enregistrée. Il y avait trois copies de chaque registre: la première était conservée sur le vaisseau monté par le général de la flotte, la seconde sur celui commandé par l'amiral et la troisième demeurait dans le port d'embarquement jusqu'à l'année suivante lorsqu'elle était envoyée à Séville pour la comparer à l'original et aux deux autres copies.

 Textes de Raynald Laprise.