La Flota de San Juan ou flotte de la Nouvelle-Espagne, dont faisaient partis les navires allant aux Honduras et aux Grandes Antilles, quittait ordinairement Séville en avril. Après une traversée de deux à trois mois, selon l'état des vaisseaux et le climat, elle hivernait à la Vera Cruz , débouché de Mexico, la capitale économique et politique de la Nouvelle-Espagne ou Mexique, voire de toute l'Amérique espagnole. Plus que pour le royaume du Pérou, les Espagnols ont su construire à partir des bases jetées avant eux par les anciens maîtres du pays, les Aztèques, assoyant ainsi leur contrôle sur un riche arrière-pays. Au nord domine une économie basée sur l'élevage, et surtout sur l'exploitation des mines d'argent. Au Sud, ce sont les productions agricoles tels que le sucre, le maïs et le tabac, mais les plus gros profits se réalisent sur les tinctoriaux: l'indigo et, plus encore, la cochenille, qui est, probablement, après l'argent du nord, la principale richesse naturelle du Mexique.

Or, la Vera Cruz est le centre du commerce de cette cochenille, une teinture écarlate de très grande valeur obtenu à partir du corps de la femelle d'un insecte du même nom. La localisation de la ville connut trois localisations différentes au cours du XVIe siècle, pour se fixer définitivement en 1599 à l'emplacement originel du débarquement des troupes de Cortés lors de la conquête du Mexique. Seuls les petits navires pouvaient mouiller près de Vera Cruz: les plus gros, comme les galions, jetaient l'ancre à l'île voisine de San Juan de Ulúa, évitant ainsi les périlleux vents du nord qui soufflaient d'octobre à février dans le golfe du du Mexique. À la Vera Cruz , la flotte chargeait les produits locaux, l'argent du Roi, celui des marchands ainsi qu'une partie des produits orientaux amenés à Acapulco, sur la côte pacifique du Mexique, par le galion de Manille. En février ou en mars, elle partait à destination de La Havane: elle remontait au nord les vents contraires jusqu'à l'actuelle Pensacola puis se dirigeait vers le sud, serrant les côtes floridiennes aussi loin que les Keys, puis ralliait directement La Havane. À Cuba, elle rejoignait la Flota de Tierra Firme (la seconde des flottes aux trésors) puis, avec ou sans elle, elle retournait en Espagne à fin du printemps ou au début de l'été. De plus, en mai ou en juin, une hourque, accompagnée d'une patache, qui commerçait annuellement avec le Honduras, quittait Trujillo et Puerto Caballo (avec la production locale d'indigo et d'argent) pour se rendre aussi au rendez-vous de La Havane.

À l'ouest de la Vera Cruz , en remontant les côtes du Golfe du Mexique, une seule place de quelque importance: Tampico, à l'embouchure de la rivière Panuco. Ensuite , presque rien jusqu'à la ville de San Agustín, au nord de la Floride, sur la côte Atlantique. Par contre, à l'est, de petits bourgs et villages côtiers jalonnent cette partie du golfe du Mexique connue sous le nom de baie de Campêche. À partir de cette baie, commence la grande péninsule du Yucatan, l'ancienne terre maya, peuplée en majorité d'ailleurs par des Indiens, dont l'activité économique est avant tout agricole, centrée sur le maïs, que l'on exportait à la Vera Cruz pour ravitailler la flotte de la Nouvelle-Espagne. Son port principal est San Francisco de Campêche, qui comme Santiago de Cuba deviendra un port d'attache pour les corsaires espagnols au XVIIe siècle. Mais la capitale, Mérida, est située très au nord, à l'intérieur des terres. Outre des vivres, la province portait à la Vera Cruz sa production locale de cochenille et d'indigo, ainsi que le bois de campêche, un bois tinctorial dont l'on faisait surtout la coupe dans la baie du même nom, une région sauvage qui, mal exploitée et défendue par les Espagnols, se verra, au XVIIe siècle, occupée par des aventuriers surtout anglais, attirés là par la coupe de cette essence précieuse.

Par ailleurs, en octobre ou en novembre de chaque année, dans la seconde moitié du XVIIe siècle seulement, l'Armada de Barlovento venait aussi à la Vera Cruz où elle demeurait jusqu'en mars suivant. Cette flotte, composée de six à sept gros navires portant de 20 à 50 canons chacun, visitait tous les ports espagnols une fois l'an, principalement afin d'empêcher les étrangers d'y commercer et de supprimer les flibustiers. Cette Armada ne fut réellement constituée, ou plutôt reconstituée, qu'à partir de 1676. De la Vera Cruz , escortant parfois la flotte de Nouvelle-Espagne ou des navires marchands, elle se rendait à La Havane pour vendre les marchandises qu'elle transportait. De là, elle passait à travers le golfe de Floride serrant très loin au nord pour se laisser porter par les alizés jusqu'à Puerto Rico, si elle y avait à faire, sinon jusqu'à Trinidad. Ayant fait escale à Trinidad, l'Armada touchait ensuite l'île Margarita, Cumana et La Guayra. Passant près des côtes de Caracas, elle allait au lac de Maracaïbo et doublait le cap de Vela. Après avoir visité Rio de la Hacha, Santa Marta, Cartagena, Puerto Belo et Campêche, elle revenait à la Vera Cruz.

Textes de Raynald Laprise.