L'Angleterre se tint à l'écart de la guerre de Trente ans, quoique plusieurs hommes de guerre anglais et écossais s'illustrèrent sur les champs de bataille en Allemagne aussi bien au service de l'Empereur que de ses adversaires protestants, avant d'être appelés bientôt à venir s'entre-tuer en sol britannique. En effet, pendant que la guerre faisait rage en Allemagne, un conflit sourd opposait le roi - James I puis son fils et successeur Charles I - au Parlement. Le monarque anglais voulait brider le Parlement, plus précisément la Chambre des Communes, qui, entre autres pouvoirs, avait celui de voter la levée des impôts. Sur ce point et sur celui de la question religieuse les deux têtes de l'état anglais s'affrontaient.

Charles II d'Angleterre
par sir Anthony Van Dyck
XVIIe s.

Or tous les rois Stuart sans exception, de James I (1603) à James II (1688), ont tous été suspectés, par les Puritains, de vouloir réintroduire le catholicisme en Angleterre, ou du moins de faciliter la réinstallation des catholiques dans la vie publique britannique. Ces hommes que l'on nomme Puritains reprochaient à l'Église d'Angleterre son faste qui n'est pas sans rappeler celui de l'église de Rome et entendaient purifier l'Angleterre de toutes pratiques romaines. Dans les années 1620 et 1630, à défaut de pouvoir imposer leurs vues, ils seront nombreux à émigrer vers les Pays-Bas et vers de nouvelles terres promises: la côte nord-est de l'Amérique du Nord, de même que la Barbade et les Petites Antilles. D'ailleurs, les entreprises de colonisation anglaise à cette époque sont toutes dirigées et financées de Londres par des consortium de nobles et de grands bourgeois puritains à la tête desquels l'on retrouve des hommes tels que Robert Rich comte de Warwick et John Pym, personnages qui se signalent par leur farouche opposition aux mesures autoritaires du roi.

Ce conflit politique et religieux déboucha sur la guerre civile (1642-1648), au terme de laquelle le roi Charles I est condamné pour trahison et exécuté sur ordre du Parlement. Mais celui-ci n'est pas le vrai vainqueur de la guerre civile. C'est plutôt son armée, formée de ces hommes qui craignent Dieu et qui s'en inspirent. Véritable armée nationale, commandées par des chefs admirés et respectés tels que Fairfax, Cromwell et Lambert, elle s'illustre tant contre les royalistes, que contre les Écossais et les Irlandais, notamment grâce à la nouvelle utilisation que ses chefs font de la cavalerie en imitant le modèle suédois. De cette armée sort bientôt le nouveau maître de l'Angleterre, Oliver Cromwell, puritain convaincu et le plus brillant de ses généraux, qui avait un membre du Parlement très actif dans l'opposition au roi Charles I. Avec tous les pouvoirs d'un roi sans en avoir le titre (car il ne sera que Protecteur du Commonwealth d'Angleterre: 1653-1658), Cromwell, une fois les derniers foyers de résistance royaliste vaincus et l'Irlande et l'Écosse pacifiée, s'impose, par sa personnalité, comme le champion de la cause protestante en Europe.

La temps d'une courte guerre (1652-1654) avec les Provinces Unies - puissance protestante - qu'il n'a pas personnellement voulu mais qui fut l'occasion d'éprouver la nouvelle marine du Commonwealth, Cromwell imagine le Western Design (le plan de l'Ouest), entreprise beaucoup plus chère à son coeur puisqu'elle vise l'une des deux principales puissances catholiques du temps, l'Espagne. Le Western Design, dont le prétexte fut une guerre de représailles contre toutes les agressions passées commises en Amérique par les Espagnols à l'encontre des sujets anglais, est pourtant l'occasion de la première défaite majeure des armées du Commonwealth, devant Santo Domingo, la capitale de l'île Hispaniola. La seule consolation sera la conquête de la Jamaïque, qui se révélera ensuite d'une importance capitale dans le système colonial britannique.

Cromwell meurt en 1658. Son fils et successeur, Richard, se révèle incapable, voire peu désireux, de conserver le pouvoir. Deux ans plus tard, à l'instigation du général George Monck, la monarchie est restaurée et le prince de Galles est couronné sous le nom de Charles II. Ayant légalement réglé ses comptes avec les responsables de l'exécution de son père sans répandre le sang plus que nécessaire, Charles II gouvernera intelligemment l'Angleterre jusqu'à sa mort en 1685. De son règne tranquille l'on retient surtout ses nombreuses maîtresses, les scandales provoqués par ses courtisans dissolus et le relâchement général des moeurs dans le royaume, contrastant fort avec le régime inspiré de Dieu qu'il remplaça. Pourtant, s'appuyant d'abord sur des soldats comme Monck qu'il crée duc d'Albemarle et des politiques comme lord Clarendon, Charles, souverain modéré et instruit des erreurs de son père, saura apporter une stabilité bénéfique à l'Angleterre et un répit aussi. En 25 ans de son règne, il n'y en aura que quatre années de guerre (1665-1667 et 1672-1674), avec les Provinces Unies, la soeur protestante mais aussi la rivale économique de l'Angleterre.